「フリーランスになって初めての確定申告、何から始めたらいいかわからない」という人は多い。私もそうだった。
SESエンジニアとして9年間会社員をやっていたとき、確定申告は会社がやってくれるもの、という認識しかなかった。フリーランスに転向した翌年の2月、初めて自分で申告書を出したときの焦りは今でも覚えている。税務署のサイトを開いたのが2月の第2週、そこから「青色申告ってなんだ」と調べ始めたのだから、今思えばひどい話だ。
この記事では、フリーランスエンジニアが確定申告でつまずきやすいポイントと、具体的な手順を書いていきます。青色申告の始め方から、経費の範囲、会計ソフトの選び方まで一通り確認できます。
あわせて、フリーランス独立の準備と手順も参考にしてみてください。
会計ソフトを使うと確定申告がかなりラクになります
帳簿付けから申告書作成まで自動でやってくれるので、初めての確定申告にも安心です。
会社員とフリーランスの確定申告の違いをまず理解する
会社員時代は「年末調整」だけやっていれば税金の手続きはほぼ終わっていた。会社が代わりに税務署へ申告してくれていたわけだ。
フリーランスになるとこれが変わる。年間の収入と経費を自分で計算して、翌年の2月16日〜3月15日の間に確定申告書を提出しなければならない。
青色申告と白色申告、どちらを選ぶか
確定申告には「青色申告」と「白色申告」の2種類がある。結論から言うと、フリーランスエンジニアは青色申告一択だと思っていい。
理由は最大65万円の特別控除が受けられるから。年収500万円のエンジニアが白色から青色に切り替えるだけで、単純計算で数万円の節税になる。手間が増えるのは複式簿記での帳簿付けだが、会計ソフトを使えばほぼ自動化できる。
白色申告が向いているのは、年間収入が少なくて帳簿管理を最小限にしたいケースくらい。そうでなければ最初から青色申告を選んでおいた方がいい。
開業届の提出を忘れずに
青色申告をするには、フリーランス開始から1ヶ月以内に「開業届」と「青色申告承認申請書」の両方を税務署に提出する必要がある。e-Taxでオンライン提出も可能なので、独立直後に済ませておこう。
これをやり忘れると、その年は白色申告しかできない。私は転向1年目に開業届を出すタイミングが遅れて、その年の65万円控除を取り逃した。今でも悔やんでいる。
確定申告の具体的な手順（1年を通じた流れ）
確定申告は2〜3月の手続きだけではない。1年を通じた準備が重要で、直前になって焦るのが一番よくないパターンだ。
Step1：開業届・青色申告承認申請書を提出する
フリーランス開始後できるだけ早く、以下2枚の書類を税務署に提出する。
- 個人事業の開廃業等届出書（開業届）
- 所得税の青色申告承認申請書
国税庁のWebサイトかe-Taxから書類を作成し、最寄りの税務署へ郵送または持参する。マイナンバーカードがあればe-Taxでオンライン完結できる。
Step2：年間を通じて帳簿をつける
青色申告で65万円控除を受けるには、複式簿記での記帳が必要だ。とはいえ手作業でやる必要はなく、会計ソフトが自動で仕訳してくれる。月次でやっておくべきことはシンプルで、売上の入金確認・領収書の整理・銀行明細の取り込み、この3つだ。
私は最初の年に月次整理をサボって、2月にまとめて12ヶ月分の領収書を整理するという地獄を経験した。あれ以来、毎月第1週に30分だけ帳簿整理の時間を取るようにしている。
Step3：2〜3月に確定申告書を作成・提出する
申告書の作成はe-Taxか会計ソフトの申告機能を使う。会計ソフトを1年間使っていれば、ほぼ自動で申告書が完成するので、あとは内容を確認して送信するだけだ。提出期限は毎年3月15日。e-Taxを使えばオンラインで完結する。
フリーランスエンジニアが経費にできるもの・できないもの
経費の計上は節税の基本だが、「これも経費にできる？」という判断に迷うケースが多い。業務に関係する支出かどうかが基準になる。
エンジニアが経費にしやすい費用
フリーランスエンジニアの場合、以下は比較的経費として認められやすい。
- 書籍・技術書（業務関連のもの）
- PC・モニター・キーボードなどの機器
- クラウドサービス・SaaSの利用料
- 通信費（スマホ・インターネット回線）
- セミナー・勉強会の参加費
- 交通費（客先への移動）
ただし「業務に関係する」という根拠が必要なので、プライベートと共用している場合は按分が必要になる。
自宅兼事務所の「按分」の考え方
在宅で仕事をしているフリーランスエンジニアは、家賃・光熱費を業務使用割合に応じて経費に計上できる。計算方法は「業務使用面積 ÷ 部屋全体の面積」や「業務時間 ÷ 1日の時間」が一般的だ。3LDKの1部屋を仕事場にしていれば、家賃の20〜30%程度を経費にできるケースが多い。
※按分割合の計算方法は個人の状況により異なります。詳細は税務署または税理士にご確認ください。
経費の仕訳も会計ソフトが自動で判定してくれます
銀行口座やクレジットカードと連携すると、明細を自動取り込みして仕訳候補を提示してくれます。
会計ソフトを使うとどれくらいラクになるか
正直なところ、会計ソフトなしでフリーランスの確定申告をやろうとするのはかなり無謀だと思う。特に青色申告の複式簿記は、会計の素養がない人間がゼロから覚えるには時間がかかりすぎる。
freeeとマネーフォワードを比べると
フリーランス向け会計ソフトで主流なのはこの2つだ。
| 項目 | freee | マネーフォワード クラウド確定申告 |
|---|---|---|
| 月額（スタータープラン） | 1,480円〜 | 1,280円〜 |
| 操作のしやすさ | 直感的でわかりやすい | 機能が多い分やや複雑 |
| 銀行・カード連携 | 豊富 | 豊富 |
| e-Tax連携 | あり | あり |
※価格は2026年4月時点の目安です。最新情報は各公式サイトでご確認ください。
会計ソフトの費用自体が経費になる
初めてフリーランスで確定申告をする人にはfreeeの方が使いやすい印象で、「確定申告ナビ」に沿って入力していくだけで申告書が完成する。とはいえ、マネーフォワードの方が機能は豊富なので、使いこなせれば強い。
ちなみに会計ソフトの月額料金は「業務に必要なソフトウェア費用」として経費計上できる。年間1〜2万円の出費が節税にもつながるわけだ。
やってしまいがちな失敗・注意点
フリーランス1年目に多い失敗パターンをまとめておく。私自身が実際にやってしまったものも含む。
領収書をその場で捨てる
確定申告の書類は原則7年間の保管義務がある。「レシートくらいいいだろう」と捨てていると、税務調査が入ったときに経費として認められないリスクがある。会計ソフトのスキャン機能やスマホアプリで撮影して保管するのが手軽でいい。
インボイス対応を後回しにする
2023年から始まったインボイス制度の影響で、取引先から「適格請求書発行事業者の登録をしてほしい」と求められるケースが増えている。登録すると消費税の申告義務も発生するので、メリット・デメリットを把握した上で判断したい。
判断に迷う場合は税理士に相談する方がいい。取引先の状況や自分の売上規模によって最適解が変わってくる。フリーランスエージェント経由で案件を取っている場合は特に、エージェント側のインボイス対応状況も合わせて確認しておこう。
まとめ
フリーランスエンジニアの確定申告について、主要なポイントを整理する。
- 青色申告を選ぶと最大65万円の特別控除が受けられる
- 開業届と青色申告承認申請書はフリーランス開始直後に提出する
- 帳簿は月次で整理しておくと確定申告直前に焦らずに済む
- 会計ソフトを使えば複式簿記も申告書作成もほぼ自動化できる
- インボイス対応は取引先の状況を確認してから判断する
初めての確定申告は誰でも戸惑う。ただ、やること自体はシンプルで、会計ソフトを1つ入れるだけで負担はかなり減る。まず開業届を出して、会計ソフトを試してみるところから始めてみてほしい。
迷ったらまずfreeeを試してみるのがおすすめ
無料プランから始められるので、まず使ってみて自分に合うか確認できます。
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